Манастирът е закътан в най-величествената българска планина Рила, както подсказва и самото му име. Намира се на около 1147 м. надморска височина. Отвън Рилският манастир прилича на средновековна крепост. Отвътре, в широкия постлан с плочи двор, се извисяват четириетажни постройки с тераси, красиви парапети и мраморни чешми.

Историята на манастира започва в края на девети век, когато свети Иван Рилски се уединява в най-дивата и труднодостъпна част на Рила. Постепенно около него се създава монашеско братство и неговите членове издигат първите килии и параклиси на бъдещия Рилски манастир. Първоначално той бил построен в местността Осеновица (днес там се намира постницата "Свети Лука"). В края на четиринадесети век лавина разрушава сградата.

Но Рилският манастир бил издигнат отново. Този път той бил разположен в долина, заобиколена от стръмни планински склонове и високи върхове. През петнадесети век феодалният владетел на Струмския край Хрельо изградил църквата "Света Богородица" и кула в двора на Рилския манастир, висока 25 метра. Кулата остава единствената оцеляла постройка в манастира, опожаряван и опустошаван по време на турското робство. В нейния параклис са запазени ценни старинни стенописи. През 1469 г. в Рилския манастир били пренесени мощите на свети Иван Рилски от Търново. Неговата известност нараснала неимоверно.

През 1833 г. Рилският манастир бил унищожен от голям пожар. Още на следващата година обаче, той бил възстановен в сегашния си внушителен вид, по образец на големите атонски манастири. Изграждането му било подпомогнато от дарения на заможни българи. Старите дебърски майстори Алекси, Кръстьо, Рилец и Павел реконструирали Рилския манастир и добавили над 300 нови помещения - килии, стаи, канцеларии, библиотеки, трапезарии и др. На мястото на малката Хрельова църква била издигната два пъти по-голяма, като нейният строеж и украса продължили десет години. Стенописните работи извършили самоковските зографи Иван Образописов, Коста Вальов, Захари Зограф и др., а инкрустациите на иконостасите били творби на изкусни резбари от Самоковската, Разложката и Дебърската резбарски школи. Главният иконостас, богато украсен със златни орнаменти, също бил изработен от самоковски майстори.

В манастирската църква са запазени мощите на свети Иван Рилски, старинната икона на света Богородица Одигитрия от дванадесети век, както и Хрельовият трон от четиринадесети век. Външните стенописи на църквата също представляват майсторски произведения на български творци. В Рилския манастир и околностите му има 14 църкви. От тях с най-голяма известност са двете църкви при постницата "Свети Лука" от осемнадесети век, където е живял първият български педагог и възрожденец Неофит Рилски.

В манастирския музей се съхраняват множество исторически материали - старинни предмети, църковни обредни съдове от злато и сребро, както и богати монетни колекции. Силно впечатление правят уникални художествени творения като кръстът на монаха Рафаел, първият български глобус, изработен от Неофит Рилски, оръжия и облекла на манастирските пандури (стражи), препис от осемнадесети век на "Заветът" от свети Иван Рилски, Хрисовулът на цар Иван Шишман от 1378 г., Сучавското евангелие, Крупнишкото евангелие, копие от "История Славянобългарска" на Паисий Хилендарски и много други свещени реликви. Манастирската библиотека, която е една от най-старите у нас, разполага с над 32 000 тома. В нея се пази архивът на манастира от деветнадесети век и много старопечатни книги, документи и съчинения.

Повече от хиляда години Рилският манастир е изявено народно и културно-просветно средище в българската държава. По време на османското иго, той е бил едно от местата, където се е поддържал българският дух и българската национална идентичност. Рилските монаси векове наред осъществявали връзки с българските манастири в Света гора и със своите събратя в Русия, Румъния и Сърбия. Монасите помогнали и на много килийни училища из българските земи. Възпитанници на манастира, освен Паисий Хилендарски и Неофит Рилски, били цяла плеяда български духовници и книжовници. В Рилския манастир по време на гонения от турците са укривани големите революционери Васил Левски, Ильо войвода, Гоце Делчев, Пейо Яворов и др.